هزار متر مربع ( 6650 متر مربع ) که در دوران صفوی احداث شد؛ شامل: بنای گنبد، قسمت‌هایی از صحن یا حیاط جنوبی و جرز و دهنه های باقیمانده از دیوار شمالی متصل به عالی قاپو بوده است. این عمارت که اکنون به عنوان مهمترین مرکز آموزشی دانشگاه هنر اصفهان مورد بهره برداری قرار گرفته و با زیربنایی در حدود 4000 متر مربع، فضای لازم جهت فعالیت گروه‌های آموزشی و بخش‌های مختلف اداری، خدماتی و رفاهی را فراهم آورده است. دانشکده‌ی معماری، دانشکده‌ی تجسمی و کاربردی، سالن اجتماعات، دفاتر گروه‌های آموزشی صنایع دستی، فرش و نقاشی، کتابخانه‌ی مرکزی و آتلیه‌های معماری و نقاشی، از جمله بخش‌های مستقر در این مجموعه است. درباره‌ی بانی و تاریخ تأسیس توحیدخانه اختلاف نظر وجود دارد؛ به گونه‌ای که در برخی از منابع، تأسیس و بنای آن به شاه اسماعیل اول صفوی نسبت داده شده و درباره‌ی علت تأسیس آن، آمده است که شاه اسماعیل به دلیل مشاغل سلطنتی، از ارشاد مریدان بازمانده بود؛ به همین سبب، منصبی رسمی و غیرنظامی با عنوان “خلیفة‌الخلفا” تعیین کرد تا در توحیدخانه به ارشاد صوفیان و سالکان بپردازد. در برخی از منابع دیگر، دستور بنای توحیدخانه را به شاه عباس نسبت داده و بیان شده است که به دستور شاه طهماسب دوم صفوی، در پشت عمارت عالی‌قاپو گنبدی وسیع برای «صوفیان صافی ضمیر صاحب ذکر» بنا شد که آن را توحیدخانه نامیدند. بنابر شواهد تاریخی، عمارت توحیدخانه در روزگار صفوی محل عبادت صوفیان و جایگاه «خلیفةالخلفا» قطب و پیشوای صوفیان صفوی بود که به عنوان یک مکان مقدس به شمار رفته و در آن، عدالت ‌خواهان بست می‏‌نشستند و هیچ کس حق نداشت با سلاح وارد آن شود.