بعد از پایان حکومت صفويه عمارت «رکيب‌خانه» متروک و بعدها در عصر قاجار به دستور حاج محمد‌حسين‌خان صدر اصفهانی، صدراعظم نيک‌انديش فتحعليشاه، احيا گشت. در دوره‌ی حکومت «مسعود ميرزا ظل‌السلطان» بعد از انجام تعميرات و الحاقاتی که با آن دوره سازگار بود، به‌عنوان محل زندگی اين حاکم تعيين شد. در دوران پهلوی، اداره‌ی آمار و ثبت احوال اصفهان در اين محل مستقر شده و در ساختمان و مخصوصا در جبهه‌ی غربی آن، تغييراتی صورت گرفت. بخش‌های هفت گانه‌ی موزه: خط و کتابت، آثار لاکی و روغنی، نگارگری، آثار چوبی، آثار فلزی، دست‌بافته ها و آبگینه، سفال و چینی و نیز کتابخانه‌ی تخصصی موزه را شامل می‌شود. به‌طور كلی، عمده فعاليت‌های این موزه، برپایی نمايشگاه‌های مختلف هنری است.
